PXI和PXIe具有完全的软件兼容性，可以在PXIe系统中使用之前为PXI系统编写的代码，完全的软件兼容性体现在3各方面：操作系统（如WindowsXP）；应用软件（如LabVIEW）和用户代码（如LanVIEW VI和C++项目）。